位於台灣東北部宜蘭縣境內的蘭陽溪發源於南湖大山北麓，全長73公里，流經整個宜蘭縣境，流域面積978平方公里。蘭陽溪屬亞熱帶高山小型溪流，坡陡流湍，主流平均坡度為 1/21，流域多雨，剝蝕速率高，為典型之西太平洋島嶼之Oceania溪流(Smith et al. 2003)。蘭陽溪全線無水庫，在整個流域內有許多半封閉集水區，不受外界干擾，是合適的研究場所。

           蘭陽溪上游從思源埡口以降，台7甲線之南山至留茂安一帶，海拔高度約1000公尺，滿佈高山蔬菜田，為農墾區。主要的人為干擾來自於高冷蔬菜區，山谷內部較外部開發嚴重，有農藥肥料施灑與水土保持的問題。

           蘭陽溪中游由家源橋至泰雅大橋間，海拔高度約500公尺，人為活動干擾較少；蘭陽溪下游至葫蘆堵及蘭陽大橋，砂石場多，進入都會區，人為活動干擾較多；噶瑪蘭大橋以降，與宜蘭河與冬山河交會處屬於河口，溼地生物豐富，為重要水鳥保護區與賞鳥區。蘭陽溪流域的農業開墾與砂石場等之土地利用情形與多數河川相似，但開發及地形地貌的破壞等各式人為因素對溪流生態系的影響卻從未研究與評估，而這些是全球環境變遷關注的焦點議題。

         蘭陽溪上游與中游測站之食物網結構簡單，動物生物量與種類皆少，可能與水流速快或農藥溢出有關。但流域中唯獨藻類較多，中、上游以石附生藻類為主，下游與河口則以浮游藻類為主。以穩定性氮同位素分析，結果顯現中上游食物網階層約為3階；下游與河口之食物網結構趨於複雜，生物量與種類變多，食物網階層增為4階。       

      主流上游來自農業之高濃度之NO₃+NO₂，下游來自居民生活廢水高濃度之NH₄，因此初級生產者與粗顆粒碎屑的δ15N值正可反應此環境變化。因此上游主流的附生藻類生物量明顯高於上游支流測站，且主流附生藻類生物量隨硝酸鹽濃度昇高而增加。上游主流測站出現之生物種類亦以好優養化水域之種類為主。中游之松蘿溪支流測站有來自養殖廢水高濃度之P₄O₃，使得附生藻類生物量多於主流測站，亦以藍綠菌等喜好高濃度P₄O₃之生物種類為優勢。8月颱風之暴雨洪流使蘭陽溪中與上游的生物量因沖刷而大幅減少，顯現蘭陽溪流域生態系受上游的人為農業活動與溪流水量之影響甚鉅。

蘭陽溪河口